You could attach a README to your repository providing instructions, and (even better) create a release in your repository with the properly packaged .zip/.pyromod. That would make things much easier for both you and the users of your mod in the long run.

Isn't it unusual to allow the same mod to have a different file structure for two different users? Couldn't that generate false positives? Aside from my question, this seems like a rather forced solution aimed at solving a problem that doesn't really exist. Modders should provide a simple way for users to obtain their mods. Besides, it doesn’t seem like a serious issue. It’s just a matter of learning how to properly create a .zip/.pyromod and providing clear instructions to the end user.

Buenos días tardes o noches:   Aquí le dejo una previa sobre el Boceto de la facción Asmonea @p3p :     Desculpen las molestias*

Buenos días ,tardes o noches; -En el mod "Endovelico" , tenemos la facción "Asmoneos",(no es lo mismo que el reino de Judá)pero por si le interesa temas relacionados , puede descargarlo en el tópico del mismo nombre en este mismo forum.Está el "Segundo templo de Jerusalem" como Maravilla de facción, unidades auxiliares como los Macabeos y trabajamos en bonificaciones culturales como el Shofar. -Sería de gran ayuda para el equipo que jugara el mod Endovelico y nos comunicara críticas, sugerencias, dudas etc...     Disculpen las molestias*